- Um claustro com uma série de atividades estruturadas ao redor;
- Uma igreja que se destaca como um corpo mais alto no conjunto, com nave única, capela-mor, sacristia e coro;
- Um campanário único, elemento vertical de destaque da composição, geralmente recuado da fachada e localizado em uma das ilhargas do templo;
- Uma fachada marcada pela presença da galilé, espécie de nártex que precede a igreja, elemento que remonta às origens do cristianismo;
- Um adro com o cruzeiro estendendo-se em frente à igreja.
Espaço de meditação, oração e recolhimento, o claustro recebeu um tratamento diferenciado. Foi a partir dele que orbitaram todas as unidades arquitetônicas integrantes do conjunto. Os claustros possuíam nítida inspiração renascentista, composto por graciosas arcadas, geralmente de ordem toscana, encimada por outra galeria. Ao redor do claustro estavam os locais da vida comunal, como refeitórios e bibliotecas no primeiro pavimento, além dos acessos à nave da igreja e a outros espaços religiosos. Muitas vezes os dormitórios abriam-se para o claustro no segundo andar (Teles, 1975:28; Bazin, 1983:149).
A nave da igreja estava geralmente do lado esquerdo do claustro. Com a exceção de Salvador, todas possuíam nave única, com a capela-mor pouco profunda e mais estreita. Uma das marcas das igrejas franciscanas reside na implantação das capelas das Ordens Terceira, que eram, muitas vezes, engastadas perpendicularmente em relação à nave das igrejas para onde abriam-se diretamente para através de grandes aberturas emoldurada por arcos.
Em relação ao aspecto externo, esses complexos apresentavam fachadas austeras e despojadas, com toda a atenção voltada para o frontispício que recebia um tratamento diferenciado. Uma marca dos conventos franciscanos é a galilé, ou o nártex reentrante, elemento que remonta às primeiras basílicas cristãs, quando eram criados pórticos para abrigar os não-batizados.Esse elemento foi retomado no Brasil pelos franciscanos e beneditinos, demonstrando o esforço de adaptação às condições climáticas tropicais, na medida em que provia uma adequada transição entre o exterior e o interior da igreja.
As fachadas apresentavam dois tipos de frontispício. O primeiro, o mais simples e clássico, era encimado por um frontão triangular, cuja origem parece remontar ao convento de Ipojuca, e de forma mais geral à arquitetura-chã portuguesa (Sousa, 2005:27-28; Bazin, 1983: 151). O segundo tipo, cuja origem se encontra na fachada do convento de Cairu, na Bahia, apresentava uma composição monumental de formato piramidal, realizada pela superposição de pavimentos decrescentes.
Outra particularidade dos conventos franciscanos reside no enquadramento urbanístico, particularmente peloamplo adro balizado por um cruzeiro de pedra, que constitui solução inédita e particular dessa ordem. Além de prover espaços adequados para se admirar a fachada, o adro funcionava como elemento de intermediação, entre o aspecto mundano da cidade e o caráter sacro do convento, clamando por uma atmosfera de resignação (Campello, 2001:51; Fonseca, 1988: 25; Bazin, 1982:152).